La principal indicación para realizar un tratamiento endodóntico es el daño irreversible del tejido pulpar. Este daño se produce en la gran mayoría de los casos por la invasión de bacterias desde el exterior del diente, por ejemplo por presencia de caries no tratadas o por la existencia de caries bajo obturaciones antiguas. Otras causas de daño pulpar irreversible son: restauraciones profundas y/o extensas, traumatismos dentarios, bruxismo, fracturas. El daño severo del tejido pulpar se manifiesta muchas veces con dolor intenso, hinchazón, calor local, pero otras veces sin dar ningún síntoma. A veces, el daño de la pulpa se identifica por un hallazgo radiográfico (sombra en el extremo de la raíz).
En algunas circunstancias es necesario realizar la eliminación de la pulpa antes de recibir una corona o rehabilitación extensa, ya sea por necesidad de anclaje en el interior de la raíz del diente o para evitar que el daño pulpar se produzca una vez terminado el tratamiento.